Biodiverzitea ali biotska pestrost nam zagotavlja pogoje za preživetje na Zemlji. Ljudje se vse bolj zavedamo njenega pomena za naš nadaljnji obstoj, a jo vseeno še premalo razumemo in poznamo, da bi lahko dosegli konkretne rezultate. Kljub hitremu razvoju znanosti na področjih ekologije, biogeografije, taksonomije, paleontologije in evolucijske biologije v zadnjih desetletjih, so procesi, ki generirajo biodiverziteto, še zmeraj slabo znani. Klasično varstvo narave je pretirano usmerjeno k ohranjanju biotske pestrosti s pomočjo zakonskega varstva vrst in preko rezervatnega varstva. Dejansko pa je ohranjanje stanja, v katerem se ekosistem nahaja, samo prehodna, kratkoročna rešitev. Če hočemo dolgotrajno ohraniti biotsko pestrost v trenutnih razsežnostih, moramo poznati procese, ki jo generirajo. Pri tem so pomembni obseg, količina in vrsta motenj, ter odziv biodiverzitete nanje.
Ker je biodiverziteta zelo kompleksna, jo pri njenem preučevanju navadno razstavimo na posamezne strukturne enote, ki izhajajo iz hierarhične organizacije življenja. Raziskovalci na inštitutu proučujemo biodiverziteto na nivoju vrst, ekosistemov ter na molekularnem nivoju, poleg tega pa se ukvarjamo tudi s konkretnimi aplikacijami v praksi. Posebno mesto v zadnjem času posvečamo raziskavam na nivoju genetske pestrosti. Izhodišče za različne študije biodiverzitete predstavljajo posamezni osebki v populaciji, njihov genski zapis pa danes služi kot prstni odtis v njihovi osebni izkaznici.
Sodelavci IBŠ rezultate teoretičnega študija in lastnih raziskav posredujemo javnosti preko publicistične dejavnosti in v obliki predavanj na vseh nivojih, vključno z visokošolskim. Poleg tega sodelujemo v naravovarstveni operativi (priprava seznamov ogroženih vrst in akcijskih načrtov za njihovo ohranjanje, identifikacija vrst, svetovanje pri posegih v prostor) ter pri restavriranju, rehabilitaciji in nadomestitvi izgubljenih oz. degradiranih habitatov. IBŠ tudi usposablja raziskovalce v programih podiplomskega študija.