Raziskovalni program Inštituta za zgodovinske študije UP ZRS se osredotoča na preučevanje primorskega in istrskega prostora kot geografsko kompleksne regije in zgodovinskega etničnega oziroma narodnega ter kulturnega stičišča med Srednjo Evropo in Mediteranom ter med evropskim vzhodom in zahodom. Teme tega preučevanja se nanašajo na družbene, gospodarske, antropološke, etnološke, politične in kulturne aspekte, s posebnim ozirom na slovensko zgodovino, tako iz vidika celotnega regionalnega prostora kot iz aspekta krajevne ali mikroanalitične ravni, glede na posamezna zgodovinska obdobja oziroma dogodke v perspektivi “dolgega trajanja”.
